Es gibt viele Wege, sich der Biographie von Padmasambhva zu nähern. Das Wort Padma wurde aus dem Sanskrit übernommen und bedeutet ’Lotusblume’, Sambhava bedeutet ’daraus geboren’.
Er erscheint in verschiedenen Formen, um den unterschiedlichen Wesen und ihren Bedürfnissen gerecht zu werden. In der Geschichte der mündlichen Überlieferung von Kilaya und den meisten indischen Quellen zum Beispiel, wird erklärt, dass er als Sohn eines Königs oder Ministers in Uddiyana geboren wurde, und in manch anderen Texten hören wir, dass er aus einem Blitz auf der Spitze des Malaya Berges entstand. Doch durch die Terma Tradition wird berichtet, dass er auf wunderbare Weise, unberührt einer menschlichen Geburt, entstand. Eine Emanation von Buddha Amitabha und Buddha Sakyamuni, die gekommen, um Wesen, deren Geist schwer zu zähmen ist, zu helfen. Padmasambhava wurde durch Sakyamuni Buddha selbst in vielen Sutras und Tantras vorhergesagt.
Ein Halter der Geheimnisse aller Buddhas, Der König der Taten unzerstörbaren Zorns, eine wunderbare Form, ohne Vater, ohne Mutter, wird als Vidyadhara erscheinen in dem See Kosha von Uddiyana. (Tantra des Ozeans der wilden Aktivitäten)
Und so wird es berichtet: Durch den Segen der Buddhas erschien, im Lande Uddiyana, welches westlich von Bodhgaya liegt, inmitten des Sees Danakosha, ein vielfarbiger Lotus. Buddha Amitabha sandte aus seinem Herzzentrum einen goldenen Vajra in die Knospe dieser Blüte, welcher sich auf wunderbare Weise zu einem kleinen achtjährigen Jungen verwandelte. Dieser hielt Vajra und Lotus in seinen Händen und war mit den Haupt- und Nebenmerkmalen eines Buddhas geschmückt.
Der König des Landes, mit dem Namen Indrabodhi, besaß einmal unermesslichen Reichtum. Doch obwohl er unglaublich viele Königinnen hatte, empfing er doch nicht einen Sohn, außerdem erkrankten seine Augen und er wurde blind. Allen Reichtum den er einst besessen hatte, opferte er den drei Juwelen und verteilte ihn als Almosen, um zu neuem Glück und einem Erben zu gelangen. Doch obwohl die Schatzkammern sich leerten, erfüllten sich seine Gebete nicht. Als er seine Minister um Rat fragte, empfahlen einige, sich mehr um Landwirtschaft zu kümmern, andere meinten, es sei gut, Handel zu betreiben, und wiederum andere gaben den Rat, Krieg zu führen und andere zu berauben. Aber der König wollte im Einklang mit dem Dharma handeln. Er entschied, sein eigenes Leben aufs Spiel setzend, sich auf die Suche nach dem Wunscherfüllendem Juwel zu begeben. Mit einem Schiff machte er sich auf die Reise zu der Insel der Juwelen und nach vielen Qualen und Gefahren überreichte die Azurblaue Dame ihm schließlich das kostbarste aller Juwelen. Augenblicklich wurde er von seiner Blindheit geheilt und während sie zurück zum königlichen Schloss segelten, erblickten sie den vielfarbigen Lotus und in ihm das Kind. Voller Erstaunen fragte der König:
Kleiner Junge, wo ist dein Vater und wo ist deine Mutter? Was ist deine Kaste und aus welchem Land kommst Du? Wovon ernährst du dich und warum bist du hier?
Der Junge antwortete: Mein Vater ist Weisheit der spontanen Bewusstheit, Meine Mutter ist die Immer-Exzellente Dame, der Raum aller Dinge. Ich gehöre der Kaste von untrennbarem Raum und Bewusstheit an. Ich habe den ungeborenen Dharmakaya zu meinem Heimatland gemacht. Ich ernähre mich, indem ich die Konzepte der Dualität konsumiere. Meine Absicht ist das Töten der störenden Emotionen.
Der König erkannte in dem Jungen die Antwort seiner Gebete, nahm ihn an Sohnes statt und machte ihn zum Erben des Thrones von Uddiyana. In dieser Zeit erhielt er den Namen Padmaraja (Pema Gyalpo), der Lotus Prinz.
Der junge Prinz genoss all den Luxus des höfischen Lebens und wurde mit Prinzessin Bhasadhara verlobt. Schon als Jugendlicher verhalf er vielen durch sein Vorbild zur Reife. Der König wünschte sich sehr, dass der Lotus Prinz entsprechend den Regeln des Hofes ausgebildet werde und einmal ein weiser Herrscher über sein Volk würde. Der Prinz dagegen bat seinen Vater um Erlaubnis, den Palast verlassen zu dürfen, um noch mehr Wesen von Nutzen zu sein, doch es wurde ihm verweigert. So tat er eines Tages, während eines dramatischen Tanzes, so, als ob ihm ein Dreizack versehentlich aus den Händen fiel. Dieser traf den Sohn eines Ministers und ‚befreite’ ihn. Als Konsequenz dieser Tat wurde der Junge Prinz, zum Leid des Königs, ins Exil geschickt. Er ließ sein Königreich und seine junge Frau zurück, um fortan auf Verbrennungsstätten zu leben.
So zog er also auf den Verbrennungstätten (Sitavana, Nandaanavana, Sosadivipa) umher und widmete sich den tantrischen Übungen eines Yogi. Der Yogi Prinz bekam Ermächtigungen und Segen von den ansässigen Dakinis. Nachdem er sie unter seinen Einfluss gebracht hatte, wurde er bekannt unter dem Namen Santaraksita, Hüter des Friedens.
Er kehrte zurück zur Insel im See Danakosha und übte sich im geheimen Mantrayana und der Symbolsprache der Dakinis. Vajravarahi erschien ihm und segnete ihn. Er brachte die Nagas des Ozeans und die Planeten und Sterne des Himmels unter seinen Eid. Krieger und Dakinis verliehen ihm ihre Errungenschaften und er wurde berühmt unter dem Namen Dorje Drakpo Tsal, Rasende Vajra Kraft.
Dann pilgerte er nach Bodh Gaya, dem Ort an dem Buddha Sakyamuni Erleuchtung erlangte. Als die Leute ihn fragten, wer er sei, sagte er ‚ich bin ein selbst entstandener Buddha’. Doch die Leute glaubten ihm nicht und verhöhnten ihn. Er erkannte, dass viel Kraft nötig sein würde, ihre Zweifel zu zerstreuen und so wurde er Schüler des Bikshu Prabhahasti. Unter ihm erhielt er die volle Ordination zum Mönch und den Ordinationsnamen, Bhikshu Sakyasimha (Sakya Senge), der Löwe der Sakyas.
Nachdem er die Yogatantra-Unterweisungen 18 mal erhalten hatte, erschienen die Gottheiten vor ihm. Guhyajnana, die Weisheitsdakini, kam zu ihm in der Form einer Nonne. Nachdem er sie um Einweihung gebeten hatte, verwandelte sie ihn in die Silbe HUNG, verschluckte ihn und in den Chakren ihres Körpers erhielt er die vollständigen äußeren, inneren und geheimen Einweihungen. So wurde er von den drei Verdunkelungen gereinigt. Danach schied sie ihn durch ihren Lotus wieder aus.
Auf dem Sitawana Verbrennungsplatz in der Nähe Bodh Gayas erhielt er Einweihungen und Instruktionen von Humkara, dem Lehrer Prabahastis, in die Praxis des Vajrasattvas und später von den acht grossen Vidyadharas die speziellen Übermittlungen der zornvollen Aspekte der grossen Bodhisatvas. So erhielt er die acht grossen Sadhana Praktiken. Von Buddhaguhya erhielt er das Magische Netz und von Shri Simha, dem Lehrer von Humkara, der im Cina Tal auf einer Verbrennungstätte hauste, erhielt er die Dzogchen Belehrungen. Er brauchte ein Thema nur ein einziges Mal zu studieren, um es schon zu meistern und so wurde er bekannt unter dem Namen Loden Chokse; Intelligenter Segens-Sucher.
Der kostbare Meister ging um den Dharma zu verbreiten. Er begab sich zum Königreich Sahor. Der König von Sahor, Arshadhara, hatte eine Tochter die die Zeichen einer Dakini hatte. Ihr Name war Mandarava. Sie verspürte nicht die geringste Neigung auf ein weltliches Leben und so lebte sie zurückgezogen, nur von Nonnen umgeben. Es ergab sich nun, dass Padmasambhava ihr Lehrer wurde. Die beiden gingen gemeinsam, um in der Maratika Höhle in Nepal die Sadhana von Amitayus zu vollziehen. Amitayus selbst erschien, um ihnen Einweihung und Segen zu verleihen, so dass sie eins mit ihm wurden. Gemeinsam erreichten sie die Vidyadhara-Ebene ‘Macht über die Lebensspanne’ und den Vajra Körper der unberührt von Geburt und Tod ist.
Der König aber verstand diese Verbindung falsch und wurde sehr ärgerlich. Er ließ das Paar gefangen nehmen. Die Prinzessin wurde in eine Dornengrube geworfen, der kostbare Meister aber an einen Pfahl gebunden und um ihn wurde ein großes Feuer entzündet. Doch das Feuer konnte ihm keinen Schaden zufügen, und nachdem der Rauch sich endlich gelegt hatte, erschien der Guru zusammen mit seiner Gefährtin, auf einem Lotus sitzend, inmitten eines kleinen Sees. Das Volk von Sahor gewann großes Vertrauen in den Guru und Padmasambhava erklärte ihnen den Dharma und alle erreichten die Stufen von der es keine Wiederkehr mehr gibt. Der kleine heilige See in der Nähe der Stadt Mandir in Indien, der durch die Wunderkräfte des Guru entstand, wird Tso Pema, Lotus See genannt.
Später begaben Padmasambhava und Mandarava sich nach Uddiyana, um dort den Dharma zu lehren. Als sie um Almosen bettelten, wurden sie erkannt und der Minister, dessen Sohn getötet wurde, veranlasste, sie bei lebendigem Leibe, auf einem Scheiterhaufen aus Sandelholz, zu verbrennen. Doch der Meister und seine Gefährtin, ihre wunderbaren Kräfte zeigend, blieben unversehrt, und man sah sie, auf einem Lotus sitzend. Sie trugen eine aus menschlichen Schädeln gefertigte Girlande, Symbol für die Befreiung der Lebewesen aus Samsara. Padmasambhava wurde bekannt als Padma Thötreng Tsal, Mächtiger Lotus der Schädelgirlande.
13 Jahre blieb er als spiritueller Lehrer des Königs in Uddiyana und festigte das Reich im Dharma. Der König, die Königinnen und all die anderen glücklichen Wesen erreichten die höchste Vidhyadara Ebene und der Meister wurde bekannt unter dem Namen Padmaraja, Lotuskönig.